由于扁桃体地处咽喉要冲，与外界关系密切，而扁桃体内的温度、湿度又很适合细菌繁殖，因此当身体抵抗力降低时很容易为病菌袭扰而发炎。急性扁桃体炎的主要致病菌是链球菌，症状常是急性发热、咽痛明显，吞咽时疼痛加重并可放射至耳部。检查可见咽部充血，扁桃体肿大且有脓点。

在儿童，急性扁桃体炎发病率很高，尤其在3～4岁以后少年儿童及青年较为多见，50岁以后因扁桃体萎缩，则炎症少见。扁桃体炎也与季节有关，如冬春季节，天气变化无常，儿童容易受凉、感冒，所以他们最容易患急性扁桃体炎或慢性扁桃体炎急性发作。

扁桃体急性发炎时，采用青霉素类抗革兰氏阳性细菌抗生素或消炎药物，治疗效果很好。加上适当的休息，注意营养，一般在1周左右就可恢复正常。

如果炎症反复发作，则可转化成慢性。慢性扁桃体炎的症状不很明显，主要是咽痛。咽干、咽部不适、有口臭等表现。由于炎症的原因扁桃体常常比较肥大，但也有少数扁桃体萎缩而仍有慢性炎症者，并常合并伴有。检查可见扁桃体表面充暗红色血、表面有瘢痕、及粘连、凹凸不平，腭舌弓亦可有慢性充血，有时颌下淋巴结也可肿大。慢性扁桃体炎也可用抗菌消炎药物，如反复急性发作，则需要施行手术切除，但一般5周岁以下儿童不适宜于手术治疗，多采用保守治疗，因其尚有一定的免疫作用。

扁桃体炎症可引起各种并发症，如中耳炎、鼻窦炎、风湿热、肾小球肾炎、风湿性心脏病、风湿性关节炎等多种疾病，导致心脏、肾脏、关节等方面的严重损害。